與農(nóng)家肥相比，生物有機肥的根本優(yōu)勢在于： 生物有機肥中的功能菌對提高土壤肥力、促進(jìn)作物生長具有特定功效，而農(nóng)家肥屬自然發(fā)酵生成，不具備優(yōu)勢功能菌的特別的效。

與生物菌肥相比，生物有機肥包含功能菌和有機質(zhì)，有機質(zhì)除了能改良土壤，其本身就是功能菌生活的環(huán)境，施入土壤后功能菌容易定殖并發(fā)揮作用； 而生物菌肥只含有功能菌， 且其中的功能菌可能不適合有的土壤環(huán)境，無法存活或發(fā)揮作用。另一方面，生物有機肥比生物菌肥價格更為便宜。

現(xiàn)階段， 國內(nèi)種植戶施用生物有機肥的積極性不高，生物有機肥使用率相對較低，主要在蔬菜、水果、中草藥、煙和草等附加值較高的經(jīng)濟(jì)作物上應(yīng)用。但隨著人們消費水平和安全意識的提高， 對綠色有機農(nóng)產(chǎn)品的需求日益增強， 生物有機肥將會成為農(nóng)業(yè)生產(chǎn)的必然選擇。

目前，生物有機肥在一些生態(tài)示范區(qū)、綠色和有機農(nóng)產(chǎn)品基地應(yīng)用取得了較好的效果， 這對生物有機肥今后的推廣應(yīng)用起到良好的示范作用。

生物有機肥是指特定功用微生物與主要以動植物殘體為來源并經(jīng)無害化處置、腐熟的有機物料復(fù)合而成的一類兼具微生物肥料和有機肥效應(yīng)的肥料。那么施用生物有機肥需求留意哪些問題呢？選用質(zhì)量合格的微生物肥料。質(zhì)量低下、有效活菌數(shù)達(dá)不到規(guī)則指標(biāo)、雜菌含量高或已過有效期的產(chǎn)品不能施用。施用時盡量減少肥料中微生物的死去。應(yīng)防止陽光直射菌肥，拌種時應(yīng)在陰涼處操作，拌種后要及時播種，并立刻覆土。普通菌肥不可與有害的藥、化肥混合施用。