直接投入應重點關(guān)注研發(fā)支出、管理費用、原材料明細表、研發(fā)項目

對于直接投入應重點關(guān)注研發(fā)支出、管理費用、原材料明細賬、原材料購入、領(lǐng)料、結(jié)存明細表、研發(fā)項目分配表等，確認其結(jié)轉(zhuǎn)研發(fā)費用合理性、金額的準確性；高度關(guān)注折舊費用與長期待攤費用攤銷項目，屬于研究開發(fā)項目和非研究開發(fā)項目共用的資產(chǎn)，應檢查折舊或攤銷的分配方法是否合理，且前后各期是否保持一致，分配的金額是否正確；高度關(guān)注設(shè)計費用的付款申請審批單據(jù)，確認其費用發(fā)生的真實性、金額的準確性，委外設(shè)計費需關(guān)注協(xié)議；

企業(yè)研發(fā)人員工資薪酬在整個研發(fā)費用中占有較大比重

企業(yè)研發(fā)人員工資薪酬在整個研發(fā)費用中占有較大比重，因而，準確界定研發(fā)人員，對認定專項審計來說非常重要。但審計過程中，對企業(yè)研發(fā)人員的判定存在一定難度，有時很難判定究竟哪些人員屬于研發(fā)人員。比如，許多企業(yè)未按部門核算工資，員工聘任合同中也未注明具體崗位。又比如，一些研發(fā)人員經(jīng)常參與企業(yè)的日常生產(chǎn)管理，往往具有雙重“身份”。企業(yè)研發(fā)人員不能準確劃分，其人工成本就容易和企業(yè)其他人員的人工成本相混淆，從而給認定審計后續(xù)工作帶來困難。

研發(fā)費用未按項目進行明細核算

研發(fā)費用未按項目進行明細核算。一些企業(yè)沒有建立與研究開發(fā)相關(guān)的內(nèi)部控制制度，在研發(fā)費用的日常會計核算上，不少企業(yè)通常只設(shè)置研發(fā)費用總賬，并未按研發(fā)項目設(shè)立明細賬進行明細核算。但在出具認定專項審計報告時，需要提供每一個研究開發(fā)項目的具體研究開發(fā)費用金額。因此，在核定研發(fā)費用時，就需要對認定企業(yè)的研發(fā)費用重新按照項目進行分類核算，逐項加以認定，給審計人員增加了不少工作量。同時，也對其專業(yè)勝任能力提出了很高的要求。尤其在企業(yè)高新技術(shù)項目較多的情況下，分項核算認定就顯得更為繁瑣。

高新技術(shù)企業(yè)認定專項審計業(yè)務

高新技術(shù)企業(yè)認定專項審計業(yè)務的專項審計報告可以分為無保留意見的審計報告、保留意見的審計報告、否定意見的審計報告和無法表示意見的審計報告。保留意見的專項審計報告、否定意見的專項審計報告和無法表示意見的專項審計報告，統(tǒng)稱為非無保留意見的專項審計報告。

根據(jù)注冊會計師出具的無保留意見的審計報告是否附加說明段、強調(diào)事項段或任何修飾性用語時，可將報告分為標準專項審計報告和非標準專項審計報告。非標準專項審計報告，是指標準專項審計報告以外的其他專項審計報告，包括帶強調(diào)事項段的無保留意見的專項審計報告和非無保留意見的專項審計報告。