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化合物組成元素不再保持單質(zhì)狀態(tài)時的性質(zhì)；混合物沒有固定的性質(zhì)，各物質(zhì)保持其原有性質(zhì)（如沒有固定的熔、沸點）。要明確單質(zhì)和化合物是從元素角度引出的兩個概念，即由同種元素組成的純凈物叫做單質(zhì)，由不同種元素組成的純凈物叫做化合物。

只要求選這三種不同極性的溶劑系統(tǒng)，使目標(biāo)峰在不同的保留時間出峰。如ESI-MS，APCI-MS。大極性化合物選用ESI-MS，極性很小的化合物選用APCI-MS，這些軟電離質(zhì)譜的特點是只給出化合物的準(zhǔn)分子離子峰，通過正負(fù)離子的相互溝通來確定分子量。

單質(zhì)和化合物都屬于純凈物。判斷物質(zhì)是單質(zhì)還是化合物，首先看物質(zhì)是不是純凈物，只有屬于純凈物才有可能屬于單質(zhì)或化合物。不能認(rèn)為由同種元素組成的物質(zhì)一定就是單質(zhì)，也不能認(rèn)為由不同種元素組成的物質(zhì)一定是化合物。例如白磷和，雖然都由磷元素組成，但它們不屬于一種物質(zhì)混合后屬于混合物，不屬于純凈物。又如空氣由多種元素組成，包括氧元素、氫元素、碳元素、氮元素、稀有氣體元素等，它屬于混合物，不屬于純凈物，更不是化合物。