生物肥料的分類按目前微生物肥料的制品和種類來分析，可以分為兩類：（1）通過其中所含微生物的生命活動，增加了植物元素營養(yǎng)的供應量，包括土壤和生產(chǎn)環(huán)境中植物營養(yǎng)元素的供應總量和植物營養(yǎng)元素的有效供應量，導致植物營養(yǎng)狀況的改善，進而產(chǎn)量增加，這一類微生物肥料的代表品種是根瘤菌肥料。（2）其制品雖然也是通過其中所含的微生物生命活動的關鍵作用導致作物增產(chǎn)，但是其中微生物生　命活動的關鍵作用不限于提高植物的元素營養(yǎng)供應水平，包括了它們所產(chǎn)生的植物生長對植物的刺激作用，促進植物對營養(yǎng)元素的吸收作用，或者是有拮抗某些病原微生物的致病作用，減輕作物病蟲害而導致產(chǎn)量增加。這類微生物的種類和制品比較多，也比較復雜。（2）微生物肥料是一類農(nóng)用活菌制劑，從生產(chǎn)到使用都要注意給產(chǎn)品中微生物一個生存的合適環(huán)境，主要是水分含量、酸堿度、溫度、載體中殘?zhí)呛?、包裝材料等等。但隨著研究的深入發(fā)展，此類微生物及其制品將會有比較合理、比較科學的歸屬、分類。

生物有機復合肥是汲取傳統(tǒng)有機肥料之精華，結合現(xiàn)代生物技術，加工而成的高科技產(chǎn)品。其營養(yǎng)元素集效、長效、增效為一體，具有提高農(nóng)產(chǎn)品品質、抑制土傳病害、增強作物抗逆性、促進作物早熟的作用，其主要特點是：一是無污染、無公害。生物復合肥是天然有機物質與生物技術的有效組合。它所包含的菌劑，具有加速有機物質分解作用，為作物制造或轉化效養(yǎng)分提供“動力”。同時菌劑兼具有提高化肥利用率和活化土壤中潛在養(yǎng)分的作用。如大豆每畝施用生物復合專用肥30—40kg，玉米每畝施用專用肥50—75kg，一次性作底肥施入，不需追肥，既節(jié)省投資，又節(jié)省投工。二是配方科學、養(yǎng)分齊全。生物有機復合肥料一般是以有機物質為主體，配合少量的化學肥料，按照農(nóng)作物的需肥規(guī)律和肥料特性進行科學配比，與生物“活化劑”很好的組合，除含有氮、磷、鉀大量營養(yǎng)元素和鈣、鎂、硫、鐵、硼、鋅、硒、鉬等中微量元素外，還含有大量有機物質、腐殖酸類物質和保肥增效劑，養(yǎng)分齊全，速緩相濟，供肥均衡，肥效持久。

優(yōu)缺點編輯中國農(nóng)民有使用有機肥的傳統(tǒng)，十分重視有機肥的使用。美國、西歐、日本等發(fā)達國家，正在興起”生態(tài)農(nóng)業(yè)””有機農(nóng)業(yè)”，十分重視使用有機肥料，并把有機肥料規(guī)定為生產(chǎn)食品的主要肥源。施用有機肥料重要的一點就是增加了土壤的有機物質。有機質的含量雖然只占耕層土壤總量的百分之零點幾至百分之幾，但它是土壤的核心成分，是土壤肥力的主要物質基礎。采用先進的生產(chǎn)工藝，對天然有機質、腐植酸多次提取，并加入了生物活性酶、化肥增效劑、土壤活化劑、中微量元素和進口磷、鉀科學復合而成、它的肥效是農(nóng)家肥的100倍。有機肥料對土壤的結構、土壤中的養(yǎng)分、能量、酶、水分、通氣和微生物活性等有十分重要的影響。