冷鏈運輸另一個痛點在于高標準的冷鏈系統(tǒng)需要高額的成本投入，而造成這種高成本投入的原因很多，比如冷鏈環(huán)節(jié)中預冷環(huán)節(jié)缺失，而不經(jīng)預冷的果蔬在流通環(huán)節(jié)損失率高達25%-30%，很大程度上提高了單位果蔬的冷鏈成本。同時，經(jīng)營分散減小每家冷鏈企業(yè)可獲得貨量，造成較高冷庫空臵率，抬升冷鏈成本。同時，運輸網(wǎng)絡(luò)落后、物流集散中心布局不合理、缺乏有效信息管理系統(tǒng)等都是形成我國冷鏈成本高企的原因。

制冷系統(tǒng)是冷鏈運輸中的重要設(shè)備，如果制冷系統(tǒng)出現(xiàn)異常就會無法在運輸途中保持一定的低溫，對冷藏貨物的保存極為不利。所以，在裝貨的時候，冷鏈運輸司機要注意將制冷系統(tǒng)進行一番的檢查，確認無誤之后才能繼續(xù)裝車和運輸，以免在運輸過程中發(fā)生貨物解凍的問題。