就DNA探針和RNA探針的比較，DNA探針在雜交過程中會(huì)出現(xiàn)探針雙鏈之間退火的可能，也更傾向于在溶液中形成大分子的探針聚合體，從而影響其滲透能力。而RNA 探針的應(yīng)用，將提高DNA-RNA雜交子的熱穩(wěn)定性。

Tips：RNA探針因其單鏈、高分子結(jié)合力、可適應(yīng)高溫雜交的特性，其檢測(cè)特異性和靈敏度均優(yōu)于DNA探針。常用的RNA探針標(biāo)記方法為構(gòu)建質(zhì)粒后進(jìn)行轉(zhuǎn)率合成。通過PCR擴(kuò)增的方法，可以更方便地進(jìn)行RNA探針的制備；RNA探針合成后，還需驗(yàn)證其對(duì)目標(biāo)片段檢測(cè)的靈敏度和特異性。

雜交液中的陽離子濃度通過靜電排斥作用影響了雜交體之間的鏈穩(wěn)定性，較高的鹽濃度將增加雜交體的穩(wěn)定性。大于0.4M的Na離子濃度，對(duì)Tm值、雙鏈復(fù)性速率的影響不大，但隨著Na離子濃度的降低，將顯著影響Tm值和雙鏈復(fù)性速率。

有2機(jī)溶2劑（甲酰胺）的作用是降低DNA-DNA和DNA-RNA等雙鏈體的解鏈溫度。通常DNA需要在0.1~0.2M Na 90~100℃的條件下變性，那么應(yīng)用于原位雜交，樣品必須在65~75℃的條件下進(jìn)行長(zhǎng)時(shí)間變性，這將導(dǎo)致樣品形態(tài)學(xué)的破壞。50%甲酰胺的應(yīng)用能將雜交溫度降至30~45℃。

硫酸葡聚糖具有很強(qiáng)的水合性，高濃度的硫酸葡聚糖會(huì)使得核酸分子無法獲得周邊親水環(huán)境，增加了探針濃度，加快雜交反應(yīng)速率。

原位雜交 (ISH) 是用于定位固定組織和細(xì)胞中特定核酸靶標(biāo)的強(qiáng)大技術(shù)，能夠獲得與基因表達(dá)和遺傳位點(diǎn)相關(guān)的時(shí)間和空間信息。 雖然ISH的基本工作流程與印跡雜交近似，即核酸探針被合成、標(biāo)記、純化和特異性靶標(biāo)退火，但其不同之處在于前者可通過可視化顯示組織內(nèi)的結(jié)果來獲得更多信息。 如今有兩種基本方法來實(shí)現(xiàn)可視化顯示原位RNA和DNA靶標(biāo)，即熒光 (FISH) 和顯色 (CISH) 檢測(cè)。 每種檢測(cè)方法本身的特點(diǎn)（見下表）使得FISH和CISH適用于截然不同的應(yīng)用。 雖然兩種方法均使用標(biāo)記的、與樣本雜交的靶標(biāo)特異性探針，但每種方法用于可視化顯示樣本的儀器不同。 這里我們將強(qiáng)調(diào)每種方法的不同之處和各自的優(yōu)勢(shì)。

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