PCR擴(kuò)增后出現(xiàn)的條帶與預(yù)計的大小不一致，或大或小，或者同時出現(xiàn)特異性擴(kuò)增帶 與非特異性擴(kuò)增帶。非特異性條帶的出現(xiàn)，其原因：一是引物與靶序列不完全互補(bǔ)、或引物聚合形成二聚體。二是Mg2 離子濃度過高、退火溫度過低，及PCR循環(huán)次數(shù)過多有關(guān)。其次是酶的質(zhì)和量，往往一些來源的酶易出現(xiàn)非特異條帶而另一來源的酶則不出現(xiàn)，酶量過多有時也會出現(xiàn)非特異性擴(kuò)增。其對策有：必要時重新設(shè)計引 物。減低酶量或調(diào)換另一來源的酶。降低引物量，適當(dāng)增加模板量，減少循環(huán)次數(shù)。適當(dāng)提高退火溫度或采用二溫度點(diǎn)法（93℃變性，65℃左右退火與延伸）。

低嚴(yán)格單鏈特異性引物PCR (Lowstringencysingle specific primer PCR, LSSP- PGR)技術(shù)

LSSP - PCR是建立在PCR基礎(chǔ)上的又一種新型基因突變檢測技術(shù)。要求是“二高一低”。高濃度的單鏈引物( 5-端/ 3-端引物均可).約4. 8Lmol高濃度的Taq酶( 16Lmol/ 100ml) 低退火溫度( 300.所用的模板必須是純化的DNA部分片段。在這種低嚴(yán)格條件下。引物與模板間發(fā)生不同程度的錯配。形成多種大小不同的擴(kuò)增產(chǎn)物。經(jīng)電泳分離后形成不同的帶型。對同一目的基因而言。所形成的帶型是固定的。因而稱之為“基因標(biāo)簽”。這是一種檢測基因突變或進(jìn)行遺傳鑒定的快速敏感方法。

隨機(jī)引物擴(kuò)增技術(shù)(arbitrary primedPCR, AP- PCR)

AP-PCR技術(shù)通過隨意設(shè)計或選擇一個非特異性引物.在PCR反應(yīng)體系中.首先在不嚴(yán)格條件下使引物與模板中許多序列通過錯配而復(fù)性。如果在兩條單鏈上相距一定距離有反向復(fù)性引物存在,則可經(jīng)Taq酶的作用使引物延伸而發(fā)生DNA部分片段的擴(kuò)增。經(jīng)一至數(shù)輪不嚴(yán)格條件下的PCR循環(huán)后，再于嚴(yán)格條件下進(jìn)行擴(kuò)增。擴(kuò)增的產(chǎn)物經(jīng)DNA測序凝膠電泳分離后.經(jīng)放1射性自顯影或熒光顯示即可得到DNA指紋圖。AP-PCR用于腫1瘤的抑制基因、癌基因的分離;菌1種、菌株及不同物種的鑒定;遺傳作圖;不同分化程度或某些不同狀態(tài)下的組織的基因表達(dá)差異等方面的研究。