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生物有機(jī)肥穴施、溝施效果更好，特別是棚室蔬菜生產(chǎn)中，連作重茬不可避免。即使施用了一些生物肥、微肥，由于受到溫度、濕度、透氣性、有機(jī)質(zhì)等條件的影響，再加上幼苗根弱的原因，有益微生物很難快速發(fā)揮作用，如果穴施、溝施生物有機(jī)肥，一方面可快速促進(jìn)活化土壤，提高土壤透氣性，促進(jìn)根系快速生長發(fā)育；另一方面可緩解因有機(jī)肥腐熟不充分、化肥未分解形成養(yǎng)分空缺，及時(shí)供給根系養(yǎng)分，給根系一個(gè)良好的生長環(huán)境，促進(jìn)根系良好的發(fā)育。

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生物有機(jī)肥富含有益微生物菌群一般生物肥都含有酵母菌、乳酸菌、纖維素分解菌等有益微生物，而加有功能菌的生物有機(jī)肥還可能含有固氮菌、鉀細(xì)菌、磷細(xì)菌、光合細(xì)菌及假單胞菌等一些根際促生菌（PGPR）。這些菌除了具有產(chǎn)生大量活性物質(zhì)的能力外，有的還具有固氮、解磷、解鉀的能力，有的具有抑制植物根際病原菌的能力，有的則具有改善土壤微生態(tài)環(huán)境的能力。

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生物無機(jī)肥指特定功效微生物與主要以動(dòng)植物殘?bào)w（如畜禽糞便、農(nóng)作物秸稈等）為起源并經(jīng)無害化處置、腐熟的無機(jī)肥料復(fù)合而成的一類兼具微生物肥料和無機(jī)肥效應(yīng)的肥料。①無機(jī)質(zhì)含量：無機(jī)肥無機(jī)質(zhì)含量要求（≥45%）生物無機(jī)肥無機(jī)質(zhì)要求（≥40%）其都對(duì)無機(jī)質(zhì)的含量做了明白的劃定，而微生物菌劑則沒有明白劃定。②有用活菌數(shù)：生物無機(jī)肥（2000萬個(gè)/克）和微生物菌劑對(duì)有用活菌數(shù)做了明白劃定，微生物菌劑的數(shù)目要求更高，而無機(jī)肥由于生產(chǎn)過程當(dāng)中沒有分外要求增加功效微生物，故沒有要求。③有用期：生物無機(jī)肥和微生物菌劑劃定了明白的有用期，主要原因是產(chǎn)物中增加的功效微生物具備特定的有用時(shí)間，假如微生物失活，將不具備或低落響應(yīng)產(chǎn)物具備的功效和后果。

生物有機(jī)肥是主要來源于動(dòng)植物殘?bào)w或糞便，經(jīng)過特定功能微生物分解或發(fā)酵的一類肥料。其富含有機(jī)質(zhì)及氮磷鉀、生物刺等多種養(yǎng)分，能為農(nóng)作物提供營養(yǎng)，且肥效長，可增加土壤有機(jī)質(zhì)；并添加功能菌，可促進(jìn)土壤有益微生物繁殖，改善土壤的理化性質(zhì)和生物活性。有機(jī)質(zhì)在微生物的分解轉(zhuǎn)化過程中，同時(shí)也會(huì)形成另一種復(fù)雜的物質(zhì)——腐殖質(zhì)（這個(gè)過程叫做腐質(zhì)化）。腐殖質(zhì)是促進(jìn)土壤團(tuán)粒結(jié)構(gòu)形成的重要物質(zhì)。