調(diào)節(jié)微生物區(qū)系，改善土壤微生態(tài)系統(tǒng)。腐熟的有機肥中含有酵母菌、乳酸菌、纖維素分解菌等有益微生物，而加有功能菌的生物有機肥還含有固氮菌、硅酸鹽細菌、溶磷菌、光合細菌和假單胞菌等一些有益菌，這些微生物除了具有產(chǎn)生大量活性物質(zhì)的能力外，還具有固氮、溶磷、解鉀的能力，有的還具有抑制植物根系病原菌的能力，有的具有改善土壤微生態(tài)環(huán)境的能力。此外，生物有機肥施入土壤后，能夠調(diào)節(jié)土壤中微生物的區(qū)系組成，使土壤中的微生態(tài)系統(tǒng)結(jié)構(gòu)發(fā)生有益改變。

活化難溶化合物，提高土壤向供養(yǎng)能力。生物有機肥料中含有固氮微生物，該類微生物可通過其中固氮酶的作用將空氣中的氮還原為可被作物吸收利用的成份，是作物提供氮素營養(yǎng)的一條重要途徑。此外，生物有機肥中還添加了一定數(shù)量的溶磷微生物和硅酸鹽細菌，施入土壤后經(jīng)增殖并與其他土壤微生物協(xié)同作用，可分解土壤中某些原次生礦物，并同時將這些礦物所固定的磷、鉀等養(yǎng)分釋放出來，把無效態(tài)磷、鉀轉(zhuǎn)化成可供作物吸收利用的有效態(tài)養(yǎng)分，直接被作物吸收利用，提高土壤供肥能力。

國內(nèi)外大量研究表明， 施用生物有機肥可以有效防治土傳病害。利用對枯萎病有拮抗作用的多黏類芽孢菌制成的生物有機肥， 其田間防治效果達到73％。由枯草芽孢菌Ⅱ-36 和Ⅰ-23 分別制成的茄子生物肥BIO-36 和BIO-23， 經(jīng)盆栽試驗驗證，這兩種肥料均能有效抑制茄子青枯病， 防病率分別為96％和91％。目前，生物有機肥在防治蔬菜、水果等作物土傳病害方面效果十分顯著， 是防治土傳病害的一條重要且有效的生態(tài)調(diào)控防病途徑。

四、生物有機肥能促進化肥的利用，提高化肥利用率；化肥單獨使用易造成養(yǎng)分的固定和流失。

     五、生物有機肥完全腐熟，不燒根，不爛苗；精制有機肥未經(jīng)腐熟，直接使用后在土壤里腐熟，會引起燒苗現(xiàn)象。

     六、生物有機肥經(jīng)高溫腐熟，殺了大部分病原菌和蟲卵，減少病蟲害發(fā)生；精制有機肥未經(jīng)腐熟，在土壤中腐熟時會引來地下害蟲。