由于益生元不能被人體分解、吸收和利用，通過消化道到達結腸后，有的能被結腸群分解和利用，而促進結腸菌群的生長，在改善腸道微生態(tài)、 促進脂質、蛋白質與礦物類代謝方面具有重要意義，所以愈來愈廣泛地被應用于食品、飼料等領域中。

目前，常用的益生元有低聚糖類，包括低聚果糖、低聚半乳糖、低聚木糖、低聚異麥芽糖、大豆低聚糖、菊粉等，有些微藻類也可作為益生元，如螺旋藻、節(jié)旋藻等，此外多糖（如云芝多糖, 胡蘿含氮多糖）、蛋白質水解物（如酪蛋白的水解物, α-乳清蛋白, 乳鐵蛋白等）以及天然植物中的蔬菜、中草藥、植物等也能作為益生元使用。

益生元泛指一些不被宿主消化吸收卻能有選擇性地促進其體內雙歧等有益菌的生長和繁殖，從而改善宿主健康的有機物質，包括有功能性低聚糖類（如低聚果糖、低聚木糖、低聚半乳糖、低聚異麥芽糖等）、多糖類（現(xiàn)階段所發(fā)現(xiàn)的微藻如螺旋藻、節(jié)旋藻等）、一些天然植物（如蔬菜、中草藥、植物等）的提取物、蛋白質水解物、多元醇等。功能性低聚糖是常見的益生元。

微藻分布很廣，在土壤、沼澤、淡水、溫泉中都有發(fā)現(xiàn)，在一些不適合其他生物的極端環(huán)境，如高鹽堿度的湖泊中，也能生長。微藻種類繁多，如小球藻、螺旋藻等食用微藻具有豐富的蛋白質、胡蘿卜素、各種維生素、藻多糖、多不飽和脂肪酸、葉綠素等。微藻的蛋白質含量很高，微藻中所含的藻多糖復合物可作為佐劑增強抗原性和機體功能，起到的作用，增加了其作為益生元的價值。