農(nóng)村生產(chǎn)生物有機(jī)肥一般利用農(nóng)業(yè)廢棄物經(jīng)微生物發(fā)酵，制得含多種微生物的有機(jī)肥。農(nóng)業(yè)廢棄物主要是畜禽糞便和秸稈。在水資源豐富的地方，養(yǎng)殖場常使用水沖的方法清理畜禽糞便。有自來水的接上自來水沖洗糞便，沒有自來水的在池塘邊裝上水泵沖洗糞便。沖洗岀來的水大量流入河塘污染環(huán)境。有的將糞便收集起來存放在土池中任其漚制，臭氣沖天，聚集運(yùn)至有機(jī)肥料廠做原料。使用水沖糞做原料一定虧本。

生物有機(jī)肥的生產(chǎn)主要包括發(fā)酵菌促進(jìn)物料腐熟過程、添加功能菌二次發(fā)酵過程和成品加工過程。通過發(fā)酵使物料完全腐熟是整個(gè)生產(chǎn)的關(guān)鍵環(huán)節(jié)，在發(fā)酵腐熟階段，多數(shù)企業(yè)采用槽式堆置發(fā)酵法。水分、C/N 比、溫度、pH、通風(fēng)情況等過程參數(shù)直接影響物料腐熟的程度和發(fā)酵周期。待物料完全腐熟后，添加固氮菌、溶磷菌、解鉀菌等復(fù)合功能菌群進(jìn)行二次發(fā)酵， 通過控制發(fā)酵條件提高產(chǎn)品中的有益活菌數(shù)， 從而達(dá)到增強(qiáng)生物有機(jī)肥肥效的目的。發(fā)酵結(jié)束后，為了提高產(chǎn)品的商品性和保證產(chǎn)品中有益微生物的存活率， 成品加工多以圓盤造粒后低溫烘干工藝為佳。

多類芽孢干菌：多粘類芽孢干菌可以產(chǎn)生多粘菌素，而多粘菌素分子中的環(huán)狀構(gòu)造可以插入到細(xì)菌細(xì)胞膜中，從而改動細(xì)胞膜的浸透性，形成細(xì)胞內(nèi)含物的流失招致有害病菌死掉；多粘類芽孢干菌產(chǎn)生的核苷類扛菌素多氧沒素能作用于真菌的細(xì)胞壁，惹起真菌生長時(shí)的菌絲端構(gòu)成收縮泡而決裂。 解淀粉芽孢干菌：解淀粉芽孢干菌的作用機(jī)理主要包括分泌菌物質(zhì)，產(chǎn)生拮抗作用，營養(yǎng)與空間的競爭，誘導(dǎo)寄主產(chǎn)生抗性和促進(jìn)植物生長等。