生物肥料的分類按目前微生物肥料的制品和種類來分析，可以分為兩類：（1）通過其中所含微生物的生命活動，增加了植物元素營養(yǎng)的供應(yīng)量，包括土壤和生產(chǎn)環(huán)境中植物營養(yǎng)元素的供應(yīng)總量和植物營養(yǎng)元素的有效供應(yīng)量，導(dǎo)致植物營養(yǎng)狀況的改善，進(jìn)而產(chǎn)量增加，這一類微生物肥料的代表品種是根瘤菌肥料。（2）其制品雖然也是通過其中所含的微生物生命活動的關(guān)鍵作用導(dǎo)致作物增產(chǎn)，但是其中微生物生　命活動的關(guān)鍵作用不限于提高植物的元素營養(yǎng)供應(yīng)水平，包括了它們所產(chǎn)生的植物生長對植物的刺激作用，促進(jìn)植物對營養(yǎng)元素的吸收作用，或者是有拮抗某些病原微生物的致病作用，減輕作物病蟲害而導(dǎo)致產(chǎn)量增加。這類微生物的種類和制品比較多，也比較復(fù)雜。（2）微生物肥料是一類農(nóng)用活菌制劑，從生產(chǎn)到使用都要注意給產(chǎn)品中微生物一個生存的合適環(huán)境，主要是水分含量、酸堿度、溫度、載體中殘?zhí)呛俊b材料等等。但隨著研究的深入發(fā)展，此類微生物及其制品將會有比較合理、比較科學(xué)的歸屬、分類。

生物有機(jī)復(fù)合肥是汲取傳統(tǒng)有機(jī)肥料之精華，結(jié)合現(xiàn)代生物技術(shù)，加工而成的高科技產(chǎn)品。其營養(yǎng)元素集效、長效、增效為一體，具有提高農(nóng)產(chǎn)品品質(zhì)、抑制土傳病害、增強(qiáng)作物抗逆性、促進(jìn)作物早熟的作用，其主要特點(diǎn)是：一是無污染、無公害。生物復(fù)合肥是天然有機(jī)物質(zhì)與生物技術(shù)的有效組合。它所包含的菌劑，具有加速有機(jī)物質(zhì)分解作用，為作物制造或轉(zhuǎn)化效養(yǎng)分提供“動力”。同時菌劑兼具有提高化肥利用率和活化土壤中潛在養(yǎng)分的作用。如大豆每畝施用生物復(fù)合專用肥30—40kg，玉米每畝施用專用肥50—75kg，一次性作底肥施入，不需追肥，既節(jié)省投資，又節(jié)省投工。二是配方科學(xué)、養(yǎng)分齊全。生物有機(jī)復(fù)合肥料一般是以有機(jī)物質(zhì)為主體，配合少量的化學(xué)肥料，按照農(nóng)作物的需肥規(guī)律和肥料特性進(jìn)行科學(xué)配比，與生物“活化劑”很好的組合，除含有氮、磷、鉀大量營養(yǎng)元素和鈣、鎂、硫、鐵、硼、鋅、硒、鉬等中微量元素外，還含有大量有機(jī)物質(zhì)、腐殖酸類物質(zhì)和保肥增效劑，養(yǎng)分齊全，速緩相濟(jì)，供肥均衡，肥效持久。

優(yōu)缺點(diǎn)編輯中國農(nóng)民有使用有機(jī)肥的傳統(tǒng)，十分重視有機(jī)肥的使用。美國、西歐、日本等發(fā)達(dá)國家，正在興起”生態(tài)農(nóng)業(yè)””有機(jī)農(nóng)業(yè)”，十分重視使用有機(jī)肥料，并把有機(jī)肥料規(guī)定為生產(chǎn)食品的主要肥源。施用有機(jī)肥料重要的一點(diǎn)就是增加了土壤的有機(jī)物質(zhì)。有機(jī)質(zhì)的含量雖然只占耕層土壤總量的百分之零點(diǎn)幾至百分之幾，但它是土壤的核心成分，是土壤肥力的主要物質(zhì)基礎(chǔ)。采用先進(jìn)的生產(chǎn)工藝，對天然有機(jī)質(zhì)、腐植酸多次提取，并加入了生物活性酶、化肥增效劑、土壤活化劑、中微量元素和進(jìn)口磷、鉀科學(xué)復(fù)合而成、它的肥效是農(nóng)家肥的100倍。有機(jī)肥料對土壤的結(jié)構(gòu)、土壤中的養(yǎng)分、能量、酶、水分、通氣和微生物活性等有十分重要的影響。