生物有機(jī)肥在改善農(nóng)產(chǎn)品品質(zhì)方面發(fā)揮著不可替代的作用，但目前生產(chǎn)和銷售還存在一定困難，這是因為對的農(nóng)產(chǎn)品并沒有完全做到優(yōu)價，在一定程度上影響了種植戶的積極性，使得生物有機(jī)肥的推廣遇到了較大困難。

近年來，生物有機(jī)肥在一些生態(tài)示范區(qū)、綠色和有機(jī)農(nóng)產(chǎn)品基地得到了較為廣泛的應(yīng)用，這是生物有機(jī)肥今后發(fā)展的主要方向。隨著綠色有機(jī)農(nóng)產(chǎn)品生產(chǎn)規(guī)模的擴(kuò)大和人們消費(fèi)水平的提高，生物有機(jī)肥的生產(chǎn)應(yīng)用必是主流。

微生物菌肥不宜與殺菌劑、殺蟲劑、除草的劑同時使用，也不要在使用生物菌肥后再實行土壤消毒。生物菌肥適宜的土壤濕度為60%左右，所以要注意不要在過分干旱時使用。生物菌肥對于陽光中的紫外線敏感，不宜采用地表撒施，可以在陰天或清晨、傍晚于土壤中施用。生物菌肥施入土壤后，有一個菌群繁殖壯大的過程，因此，在果樹根系開始生長前使用。

基于目前化肥使用和農(nóng)業(yè)廢棄物現(xiàn)狀， 積極尋求環(huán)保的化肥替代品， 積極探索農(nóng)業(yè)廢棄物資源化利用的方式，已成為國內(nèi)外農(nóng)業(yè)研究的熱點(diǎn)。在此背景下， 生物有機(jī)肥以其獨(dú)特的優(yōu)勢為農(nóng)業(yè)廢棄物和作物生長搭建起一座橋梁，開辟出一條以“農(nóng)業(yè)廢棄物－生物有機(jī)肥－作物”為循環(huán)模式的可持續(xù)發(fā)展道路。施用生物有機(jī)肥是提高土壤基礎(chǔ)地力、改善農(nóng)產(chǎn)品品質(zhì)的重要途徑。生物有機(jī)肥研制和生產(chǎn)的初衷是集有機(jī)肥料和生物肥料優(yōu)點(diǎn)于一體， 既有助于提高作物產(chǎn)量，又能培肥土壤、調(diào)控土壤微生態(tài)平衡、減少無機(jī)肥料用量， 從根本上改善農(nóng)產(chǎn)品品質(zhì)， 符合中國農(nóng)業(yè)可持續(xù)發(fā)展和綠色農(nóng)產(chǎn)品生產(chǎn)的方向。

有機(jī)肥為農(nóng)作物提供營養(yǎng)物質(zhì)，可以改善泥土的構(gòu)造及提供足夠水費(fèi)，氧氣和營養(yǎng)，而營養(yǎng)土又稱腐殖土，是由有機(jī)固體物質(zhì)，經(jīng)常微生物發(fā)酵腐熟而成的，質(zhì)輕疏松，透水性能好、多孔隙、富含有機(jī)質(zhì)，調(diào)理土壤中的水分，氧氣，溫度，營養(yǎng)。到達(dá)養(yǎng)土養(yǎng)根的效果。同時還能夠改進(jìn)土壤機(jī)構(gòu)有機(jī)肥和營養(yǎng)土還可配合運(yùn)用，將營養(yǎng)土作為基底，混合有機(jī)肥運(yùn)用效果更佳。