調(diào)節(jié)微生物區(qū)系，改善土壤微生態(tài)系統(tǒng)。腐熟的有機(jī)肥中含有酵母菌、乳酸菌、纖維素分解菌等有益微生物，而加有功能菌的生物有機(jī)肥還含有固氮菌、硅酸鹽細(xì)菌、溶磷菌、光合細(xì)菌和假單胞菌等一些有益菌，這些微生物除了具有產(chǎn)生大量活性物質(zhì)的能力外，還具有固氮、溶磷、解鉀的能力，有的還具有抑制植物根系病原菌的能力，有的具有改善土壤微生態(tài)環(huán)境的能力。此外，生物有機(jī)肥施入土壤后，能夠調(diào)節(jié)土壤中微生物的區(qū)系組成，使土壤中的微生態(tài)系統(tǒng)結(jié)構(gòu)發(fā)生有益改變。

在農(nóng)業(yè)的部獲得登記的生物有機(jī)肥生產(chǎn)企業(yè)，基本上以從事微生物肥料生產(chǎn)為主，在發(fā)酵生產(chǎn)工藝上，多采用槽式堆置發(fā)酵法，還有其他的發(fā)酵方法，如：平地堆置發(fā)酵法、發(fā)酵槽發(fā)酵法、密封倉(cāng)式發(fā)酵法等在生產(chǎn)中也得到了應(yīng)用。在發(fā)酵腐熟過(guò)程中物料的水分、碳氮比、溫度等的調(diào)節(jié)及腐熟劑的使用是生產(chǎn)工藝的關(guān)鍵，特別是菌劑的應(yīng)用直接影響著物料發(fā)酵的周期及腐熟程度。經(jīng)過(guò)腐熟的物料基本實(shí)現(xiàn)了產(chǎn)品的無(wú)害化，從而也有利于后處理過(guò)程中所加入功能菌的存活。

與農(nóng)家肥相比，生物有機(jī)肥的根本優(yōu)勢(shì)在于： 生物有機(jī)肥中的功能菌對(duì)提高土壤肥力、促進(jìn)作物生長(zhǎng)具有特定功效，而農(nóng)家肥屬自然發(fā)酵生成，不具備優(yōu)勢(shì)功能菌的特別的效。

與生物菌肥相比，生物有機(jī)肥包含功能菌和有機(jī)質(zhì)，有機(jī)質(zhì)除了能改良土壤，其本身就是功能菌生活的環(huán)境，施入土壤后功能菌容易定殖并發(fā)揮作用； 而生物菌肥只含有功能菌， 且其中的功能菌可能不適合有的土壤環(huán)境，無(wú)法存活或發(fā)揮作用。另一方面，生物有機(jī)肥比生物菌肥價(jià)格更為便宜。

與單施化肥相比， 生物有機(jī)肥的施用可顯著增加大白菜和西瓜的直徑、單株（果）質(zhì)量；還可改善番茄、辣椒的品質(zhì)，使番茄和辣椒中維生素C 及還原糖的含量增加。通過(guò)研究不同施肥方式對(duì)生菜品質(zhì)的影響， 發(fā)現(xiàn)施用阿姆斯生物有機(jī)肥可使生菜維生素C 含量增加，總酸降低，糖酸比顯著增加，同時(shí)可顯著降低易誘發(fā)癌的消酸鹽含量，在改善生菜口感、提高產(chǎn)品安全性方面具有重要作用。